Sono costituite tre Commissioni: la Commissione didattica, la Commissione ricerca e terza missione, la Commissione AQ.
La Commissione didattica ha l’obiettivo di coordinare le diverse attività, interloquire con i SSD nonché confrontarsi periodicamente sulle attività di monitoraggio ed è composta dai Presidenti dei Corsi di studio (o coordinatori didattici), da tre membri della Giunta di Dipartimento, dal Direttore del Dipartimento e dal referente dipartimentale per la didattica. Sono attualmente membri: Renata Metastasio, Fiorenzo Laghi, Giordana Szpunar, Patrizia Sposetti, Maria Donata Cesareni, Anna Di Norcia, Guido Benvenuto, Franca Rossi e Marco Dessì.
La Commissione ricerca e terza missione nasce allo scopo di monitorare l'andamento generale delle attività di ricerca e terza missione ed è composta da docenti scelti tra professori di I e II fascia e ricercatori. Sono attualmente membri: Giorgio Asquini, Ilaria Bufalari e Andrea Chirico.
La Commissione AQ si occupa delle attività relative all’assicurazione della qualità delle attività didattiche, di ricerca e di Terza Missione condotte nel Dipartimento; essa è composta da quattro rappresentanti dei professori e ricercatori, dal Referente per la Didattica e dal Referente per la Ricerca. Sono attualmente membri: Mauro Giacomantonio, Patrizia Sposetti, Anna Di Norcia, Andrea Chirico, Marco Dessì e Elisa Marsico.