Sono costituite quattro Commissioni interne al Dipartimento: la Commissione didattica, la Commissione Terza Missione, la Commissione AQ e la Commissione ricerca.

La Commissione didattica ha l’obiettivo di coordinare le diverse attività, interloquire con i SSD nonché confrontarsi periodicamente sulle attività di monitoraggio ed è composta dal Direttore del Dipartimento, dai Presidenti dei Corsi di Studio (o coordinatori didattici), dal Coordinatore del Dottorato di ricerca, dal Direttore della Scuola di Specializzazione e dal Referente per la Didattica dipartimentale.

La Commissione Terza Missione nasce allo scopo di monitorare l'andamento generale delle attività di Terza Missione ed è composta da docenti scelti tra professori di I e II fascia e ricercatori, dal Direttore del Dipartimento e dal Referente per la Ricerca dipartimentale. 

Sono attualmente membri: Giorgio Asquini, Francesca Alby, Elena Bocci, Silvia Cataldi, Fiorenzo Laghi ed Elisa Marsico

La Commissione AQ si occupa delle attività relative all’assicurazione della qualità delle attività didattiche, di ricerca e di Terza Missione condotte nel Dipartimento; essa è composta da docenti scelti tra professori di I e II fascia e ricercatori, dal Direttore del Dipartimento, dal Referente per la Didattica dipartimentale e dal Referente per la Ricerca dipartimentale. 

Sono attualmente membri: Mauro Giacomantonio, Patrizia Sposetti, Anna Di Norcia,  Andrea Chirico, Fiorenzo Laghi, Marco Dessì ed Elisa Marsico
La Commissione ricerca è stata creata al fine di monitorare l'andamento generale delle attività di ricerca ed è composta da docenti scelti tra professori di I e II fascia e ricercatori, dal Direttore del Dipartimento e dal Referente per la Ricerca dipartimentale. 

Sono attualmente membri: Michele Vecchione, Anna Di Norcia, Andrea Chirico, Ilaria Bufalari, Giordana Szpunar, Firenzo Laghi ed Elisa Marsico.